Ngày 31 tháng 8 năm 1915, Thống đốc Nam Kỳ ban hành Nghị định thành lập quận Bù Đốp thuộc tỉnh Thủ Dầu Một.

Ngày 7 tháng 5 năm 1926, quận Bù Đốp bị sáp nhập vào quận Hớn Quản.

Nhưng ngày 3 tháng 5 năm 1928, lại được lập lại, bao gồm cả quận Tường An bị giải thể.

Năm 1938, quận Bù Đốp có 1 tổng Phước Lễ với 6 làng người dân tộc thiểu số và 1 làng người Kinh.

Từ năm 1956, quận Bù Đốp thuộc tỉnh Phước Long.

Năm 1961, quận Bù Đốp được đổi tên là quận Bố Đức với 5 tổng, 5 xã, 22 ấp. Quận lỵ đặt tại xã Phước Lục, tổng Phước Lễ.

Năm 1976, quận Bố Đức trở lại tên cũ là huyện Bù Đốp, thuộc tỉnh Sông Bé.

Năm 1977, huyện Bù Đốp cùng với 2 huyện Phước Bình và Bù Đăng nhập lại thành huyện Phước Long.

Năm 1996 huyện Phước Long thuộc tỉnh Bình Phước mới được tái lập.

Theo Nghị định số 17/2003/NĐ-CP ngày 20 tháng 2 năm 2003 của Chính phủ, huyện Bù Đốp được thành lập lại trên cơ sở tách một phần huyện Lộc Ninh. Trước đây huyện Lộc Ninh được thành lập trên cơ sở lấy một số xã của 2 huyện Phước Long và Bình Long (1978).

Khi mới thành lập, huyện Bù Đốp có 5 xã: Hưng Phước, Tân Tiến, Tân Thành, Thanh Hòa, Thiện Hưng.

Ngày 16 tháng 5 năm 2005, thành lập xã Phước Thiện trên cơ sở 13.581,20 ha diện tích tự nhiên và 3.313 nhân khẩu của xã Hưng Phước; thành lập thị trấn Thanh Bình - thị trấn huyện lỵ huyện Bù Đốp - trên cơ sở 1.608,40 ha diện tích tự nhiên và 7.643 nhân khẩu của xã Thanh Hòa.